Монастырь много сделал для просвещения язычников на далеких окраинах России. Большой заслугой Соловецкой обители стало распространение в Поморье грамотности и ремесленных знаний, а также основание, возобновление и существование семи северных монастырей. В ведении обители находились до 30 приходских церквей. Тысячи богомольцев ежегодно приезжали в монастырь и получали здесь духовную помощь. В 1765 году монастырь стал ставропигиальным.
Соловецкая обитель была не только духовным, но и крупнейшим культурным центром. Она обладала одной из лучших в те времена библиотек, чей книжный знак считался первым экслибрисом в России. В монастыре находился богатейший архив с уникальным собранием древних икон, облачений, богослужебных сосудов, предметов древнерусского искусства и древнего оружия. Постройки монастыря по праву вошли в сокровищницу мировой архитектуры.
Начиная с конца ХVI века, Соловецкий монастырь становится защитником северных рубежей России. К началу XVII века искусная оборона монастыря смогла выдержать несколько нападений шведов. А во время Крымской войны в 1854 году английские суда в течение девяти часов (!) обстреливали монастырь, но так и не смогли захватить.
Соловецкий монастырь был важным экономическим центром, его вотчины в XVI–ХVIII веках простирались до Онежского озера. После секуляризации монастырских земель в 1764 году монастырь начал интенсивно развивать монастырское хозяйство на островах, где находилось до 40 различных производств. В результате разумного хозяйствования и природопользования острова Соловецкого архипелага достигли весьма высокой степени благоустройства. К началу ХХ века у монастыря было 10 скитов и пустыней, 17 храмов (31 престол), около 30 часовен.
ХХ век принёс обители страшные перемены. В 1920 году Соловецкий монастырь — один из самых почитаемых в России — был закрыт. В конце мая 1923 года на его территории три дня бушевал сильнейший пожар, в результате которого многие древние сооружения монастыря были уничтожены. В начале лета того же года здесь организован Соловецкий лагерь принудительных работ Особого назначения (СЛОН), которому были переданы почти все постройки и угодья монастыря. К концу 20-х годов он занял огромные пространства Кольского полуострова и Карелии, а сами Соловки стали лишь одним из 12 отделений этого лагеря.
За 16 лет существования СЛОН через острова прошли десятки тысяч заключенных, среди которых — представители известных дворянских фамилий и интеллигенции, крупные ученые самых разных отраслей знаний, военные, крестьяне, писатели, художники, поэты. Соловки стали местом ссылки многих иерархов, священнослужителей, монашествующих Русской Православной Церкви и мирян, пострадавших за веру Христову. На сегодня нам известны имена более 80 митрополитов, архиепископов и епископов, более 400 иеромонахов и приходских священников — узников Соловков. На Юбилейном Соборе 2000 года и позднее около 60 из них были прославлены для общецерковного почитания в лике святых новомучеников и исповедников Российских.
14 апреля 1989 года Совет по делам религий при Совете министров СССР принял решение «зарегистрировать религиозное общество РПЦ в поселке Соловецком». Эта дата считается началом новой монашеской жизни обители. 25 октября 1990 года Священный Синод Русской Православной Церкви благословил открытие Зосимо-Савватиевского Соловецкого ставропигиального мужского монастыря. Указом от 9 февраля 1992 года Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II наместником Соловецкого монастыря был назначен игумен Иосиф (Братищев). В этот период в монастырь приходят многие особо почитаемые святыни.
7 апреля 1992 года, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, состоялся первый постриг в монашество двух насельников возобновленной обители. А через три года, день в день, восстановлен исторический титул обители: «Спасо-Преображенский Соловецкий ставропигиальный мужской монастырь».
В августе 2001 года обитель посетили Святейший Патриарх Алексий II и Президент России В.В. Путин. В том же году создан Попечительский совет монастыря, в который вошли около 20 различных организаций.
С 20 по 22 августа 2009 года на Соловках с пастырским визитом находился Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Реставрация обители
Ансамбль монастыря включает уникальные сооружения XVI-XIX веков, дошедшие с многочисленными переделками и значительными утратами. Большинство объектов к началу реставрационных работ в 60-х годах находилось в тяжелом техническом состоянии, причиной которого послужили пожары 1923 и 1932 гг.
С 1955 по 1967 год в монастыре проводились исключительно исследовательские и консервационные работы. В 1967 г. силами архитекторов ЦНРПМ начались крупные реставрационные работы по зданию Портной палаты и трапезному комплексу. Вместе с тем были продолжены консервационно-восстановительные работы в целях выведения памятников из аварийного состояния.
В 1977 году подготовлен эскизный проект реставрации центрального комплекса, в который вошли трапезный комплекс с Успенской церковью и келарской палатой (1552–1557 гг.), Спасо-Преображенский собор (1558–1566 гг.), каменные переходы между ними (1602 г.), колокольня (1777 г.), Троицкий собор (1859 г.), Никольская церковь с ризницей (1831–1822 гг.). Основанием для разработки проекта послужили материалы архивных исследований, проведенных В.В. Скопиным, с фотографиями до и после пожаров 1923 и 1932 гг., стереообмеры 1964 г. и натурные исследования.
Исследования Спасо-Преображенского собора сопровождались реставрацией отдельных элементов фасадов и конструкций, начавшейся в 1978 году. В ходе работ восстановили западный и северный порталы, арки алтарной преграды, реставрировали восточный фасад алтарной пристройки и др., заменили кровлю паперти, сохранив форму XIX в.
Большой объем реставрационных работ был выполнен по трапезному комплексу с инженерным укреплением и воссозданием щипцового завершения и трех глав, оконных и дверных проемов, лопаток, цоколя. Внутри восстановили внутристенные камеры, ниши, лестницы и древнюю часовую палатку в западной стене.
До начала реставрационных работ по Портной палате (1642 г.) здание находилось в тяжелом техническом состоянии — стены пронизывали огромные трещины, западная стена полностью утратила несущую способность, своды растрескались. В результате сложных инженерных работ была подведена новая западная стена, во втором этаже в каналы внутристенных связей был введен железобетонный пояс. У палаты был восстановлен щипец, реставрированы первоначальные оконные и дверные проемы. В 1978 году был выпущен эскизный проект реконструкции входной части.
В 1979 г. Никольская церковь с ризницей находилась в аварийном состоянии: были утрачены главы и паперть, частично обрушился свод ризницы, кладка сводов и подпружных арок потеряла прочность. Сохранение аутентичных конструкций памятника потребовало проведения сложных инженерных мероприятий по укреплению памятника (автор Г.Б. Бессонов). Внутри Никольской церкви на своде был установлен металлический корсет, восстановлены разорванные воздушные связи. Для сохранения частично обрушенного свода ризницы установили дублирующие металлические арки с последующим бетонированием, возобновили работу воздушных связей, под стену библиотеки подвели разгрузочную балку. Работа осложнялась тем, что мероприятия должны были проводиться единовременно, но после их окончания рухнувшая часть свода была восстановлена. На церкви воссоздали барабаны с главами, реставрировали фасады и пр. Архивные исследования позволили проследить строительную историю памятника, установить типологию предшествующих построек — каменной церкви 1577–1584 гг. и трехшатровой колокольни XVII века.
В 1980 г. был выпущен проект Благовещенского корпуса, который предусматривал восстановление первоначальных форм древнего ядра XVII в., состоящего из келий, гостиных палат и караульни, включенного в объем трехэтажного корпуса XIX века. По натурным данным предполагалось выявить на фасадах трехщипцовое завершение гостиных палат и развитый декор. Третий этаж на стадии эскизного проекта было решено сохранить в существующем виде.
Проект реставрации Святительского корпуса, трехэтажный объем которого включал кельи XVII века, надстроенные в веке XVIII вторым этажом, предусматривал разборку третьего этажа XIX века над главным фасадом и реставрацию в формах XVII–XVIII вв. по натурным остаткам. Южную часть корпуса было решено сохранить и отремонтировать.
В 1970-е годы были произведены частичные раскрытия в ряде сооружений с фрагментарным восстановлением фасадов Рухлядной палаты (кон. XVII–XVIII в.), Иконописной палаты (1615 г.). Произвели вычинку валунной кладки Сушила. Реставрировали находившиеся в аварийном состоянии каменные галереи мельницы (XVI–XVII вв.) с устройством вдоль булыжного замощения на древней отметке. Г.Б. Бессонов разработал проект реконструкции подземного мельничного канала.
Большой объем реставрационных работ был выполнен по крепостным сооружениям монастыря, находившимся в крайне тяжёлом техническом состоянии. Отсутствовали кровельные покрытия, большие разрушения имели сводчатые печуры, что явилось причиной аварийности валунной кладки над ними, грозившей обрушением. В башнях были утрачены межъярусные перекрытия. Противоаварийные и консервационные работы с зачеканкой швов валунной кладки, вычинкой печур и устройством кровель велись постоянно и практически по всему периметру стен. Они сопровождались разборкой огромных земляных завалов.
Наиболее крупные реставрационные работы к началу 1980-х годов выполнили по восточному пряслу стен, между Пристенком и Архангельской башней, где восстановили обрушившуюся кровлю, бойницы, ограждения боевого хода, проездные Святоозерские ворота. Реставрировали Белую башню с устройством шатра, межъярусных перекрытий и восстановлением бойниц. Выполнили вычинку подкровельных частей по восточному пряслу Пристенка и западной стене между Прядильной башней и Корожной, у которой восстановили арки ворот, реставрировали сводчатые бойницы нижнего боя. В 1981 году выпустили проект реставрации сооружений Пристенка (1602 г.) с воссозданием утраченных кровель, межъярусных перекрытий в башнях и реконструкцией боевого хода.
В 1983 году проектную документацию 1970-х гг. дополнил эскизный проект реставрации Спасо-Преображенского собора. Его основной методической направленностью стало восстановление первоначальных форм на основании строго документированных данных.
В 1986 году авторский коллектив в составе главных архитекторов проекта В.В. Владимирской (рук.) и О.Д. Савицкой; главного конструктора Г.Б. Бессонова, архитекторов: В.В. Сошина, О.Р. Полевой, В.А. Стерлигова, разработал Эскизный проект реставрации и приспособления ансамбля Соловецкого монастыря под туристко-музейный комплекс. В соответствии с проектом 1977 года центральные сооружения монастыря отводились под музей, в застройке северного дворика монастыря проектировались гостиницы для проживания посетителей музея с организацией для них необходимого культурно-просветительного и бытового обслуживания.
В 1991 году комплекс памятников архитектуры Соловецкого архипелага включен в Список памятников всемирного культурного наследия ЮНЕСКО, а в 1995 году — в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.